Lennert erhielt zahlreiche Ehrendoktorwürden und Ehrungen, so beispielsweise das Bundesverdienstkreuz sowie die Robert-Koch- und die Rudolf-Virchow-Medaille. Das Krebszentrum des Universitätsklinikums Kiel wurde 2013 Karl-Lennert-Krebscentrum Nord benannt.
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Lennert erhielt zahlreiche Ehrendoktorwürden und Ehrungen, so beispielsweise das [[Bundesverdienstkreuz]] sowie die Robert-Koch- und die Rudolf-Virchow-Medaille. Das Krebszentrum des Universitätsklinikums Kiel wurde 2013 Karl-Lennert-Krebscentrum Nord benannt.
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* 1966: Mitglied der Leopoldina
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* 1980: Schleiden-Medaille der Leopoldina
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* 1986: Verdienstkreuz 1. Klasse der Bundesrepublik Deutschland
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* 1993: Robert-Koch-Medaille
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* 2001: Wissenschaftspreis der Stadt Kiel
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* Rudolf-Virchow-Medaille
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* Ernst-Jung-Preis
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* Benennung des Krebszentrums des Universitätsklinikums Kiel in Karl-Lennert-Krebscentrum Nord (2013)