Michael Fleischhauer ist der erste nachweisbare Vertreter der späteren Apothekerfamilie Fleischhauer in Fürth. Er stammte aus Erfurt, wo er um 1612 geboren wurde. Michael Fleischhauer war als „artis pharmaceutis studios.“ (Pharamaziestudent) in Erfurt, Hildesheim und Lübeck. In Erfurt wirkte er dann als Apotheker, Kirchenvorsteher und Inspektor der Schule St. Johannis in Erfurt.

Michael Fleischhauer heiratete am 26. November 1639 Justine Macken in der Erfurter evangelischen Kaufmannskirche.

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